人体免疫系统的主要作用是识别和消除外来抗原，倘若免疫系统错误的攻击自身正常成分，则可能导致自身免疫性疾病(autoimmune inflammatory disease，AID)的发生。
自身免疫性疾病主要包括系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、多发性硬化病等70余种疾病。
据统计，中国目前自身免疫疾病患者数量约在3000万左右。自身免疫性疾病难以治愈，一旦患病，大多数患者需要长期甚至终身服药，且部分疾病(如狼疮肾病)病情凶险，严重影响患者的生活质量，甚至威胁患者生命安全。
一、间充质干细胞的免疫调节作用
间充质干细胞可以有效的调节免疫反应，包括抑制T细胞的增殖和功能，抑制B细胞，抑制树突状细胞的成熟,促进巨噬细胞向抗炎表型的极化，抑制NK细胞以及诱导CD4+CD25+FoxP3+调节性Ⅰ细胞(Tregs)。
间充质干细胞可通过分泌多种可溶性细胞因子发挥免疫调节作用,如粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)、白细胞介素(IL)、转化生长因子β(TGF-β)、肝细胞生长因子(HGF)、血管内皮生长因子(VEGF)和前列腺素2(PGE2)等。
二、间充质干细胞治疗自身免疫性疾病的临床研究
鉴于其强大的免疫调节功能，近年来利用间充质于细胞治疗多种自身免疫性疾病的临床研究项目均取得了理想的成果。
1. MSC治疗系统性红斑狼疮
2. MSC治疗类风湿关节炎
3. MSC治疗强直性脊柱炎
自身免疫性疾病就是一种以免疫系统异常激活、免疫调节不能维持适应性耐受为特征的异质性疾病。简单来说，就是人体自身产生的抗体把健康的细胞当作外来有害细胞攻击，进而导致组织或器官受损。该类疾病对人体器官和组织会造成严重的影响和伤害，具有较高的致死率和致残率。
目前的传统疗法很少能治愈严重危及生命的自身免疫性疾病。间充质干细胞通过抑制免疫细胞活化、诱导免疫耐受，从而为自身免疫性疾病带来新的治疗方案，具有广阔的应用前景。研究表明，间充质干细胞来源广泛，可以从几乎人体内所有类型的组织中获取，它不仅具有强大的分化潜力，而且还能通过抑制T细胞和B细胞增殖分化调节免疫功能。
